高新認證通過后，企業如果出現質量或者違法事故，將被取消高新資格。據高新技術企業認定管理網公布，
2018年已有132家企業取消高新資格，取消的原因主要有幾種：
一.有嚴重財務漏洞
1、原材料投入比例不合理，研發人員工資占比不合理，庫存不合理等；
2、審計機構資質條件不符合要求；
3、企業存在虛開發票或不開票的嫌疑。
二.研發費用占比不達標
很多企業在做研發費用的時候往往只比要求高一點點。但列出的研發費用明細中，可能有部分不被審核專家認可，扣除之后，研發費用比例達不到要求。
高新技術產品銷售收入不達標
高新技術產品數量較少，或證明材料沒有說服力。導致部分高新技術產品不被認可。扣除相應比例后，高新技術產品銷售收入比例不達標。
三.研發人員比例不達標
1，研發人員中核心研發人員的專業背景和工作經歷不符合研發要求；
2、大量的輔助人員充當研發人員。
企業在兩年之內被處罰過
企業在兩年之內被環保、安監、消防、稅務、工商等部門處罰過。且在信用系統內有相關記錄。
這幾年知識產權市場愈發的成熟，再加上國家對高新企業技術的扶持力度增大，不少企業開始申請高新認證，數量上來了就意味著申請高新認證的難度也有所增加，如果已認定成功再被取消，就得不償失了。
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